انگیزه اصلی در اجرای عملیات «کربلای۳» تصرف و انهدام دو اسکله «الامیه» و «البکر» بود. در کنار هدف اصلی، اهداف دیگری نیز دنبال می‌شد که عبارت بودند از تکمیل عملیات «والفجر۸» با ساقط کردن مهمترین پایگاه دریایی دشمن و کوتاه کردن دست آن از شمال خلیج فارس،ایجاد فضا و منطقه سالم دریایی برای کشتیرانی و اجرای یک عملیات دریایی و نشان دادن حضور مقتدرانه نیروی دریایی سپاه در خلیج فارس.