مرحوم دکتر خالقی با آغاز جنگ تحمیلی برای خدمت به کشور عزیزمان ایران باز گشتند و در همان ابتدای دفاع مقدس در منطقه جنگی جنوب مشغول فعالیت کردند. در یکی از حملات بعثیون به اسارت نیروهای بعثی درمی‌آیند و به مدت ۱۰ سال در اسارت نیروهای بعث عراق بود.